清江是长江中游南岸的支流，源出利川市汪营镇上十庙，全长４２８公里，流域面积１６７１４平方公里，州内河长２７５公里，流域面积１０８６０平方公里，州内支流１９８条，较大的有忠建河、马水河、野三河、龙王河、泗渡河、带水河等。溇水是澧水支流，源出鹤峰县小园乡黑湾，全长２５６公里，流域面积５０４８平方公里，州内河长１４１公里，流域面积２９３９平方公里，州内支流４３条，较大的有大典河、芭蕉河、唐家河、汪家河、湾潭河、白溪河等。
酉水是沅江支流，源出宣恩县椿木营锣谷川，全长４７７公里，流域面积１８５３０平方公里，州内长１６３公里，流域面积２６８７平方公里，州内支流４７条，较大的有新峡河、老峡河、高罗河、岩底河、曾家河等。

    唐岩河是乌江上游支流，全长２４９公里，流域面积５５８５平方公里，州内河长１１５公里，流域面积２５１２平方公里，州内支流４３条，较大的有冷水河、南河、野猫河等。
    马水河是清江中游北岸的较大支流，全长１０３公里，流域面积１７３２平方公里，支流３３条，较大的有闸木水、上马水、东洛河、庞家河、小河、半河等。
    忠建河是清江中游右岸支流，全长１２１公里，流域面积１６２７平方公里，支流２１条，较大的有洪家河、龙头沟、龙潭河、长潭河等。

    郁江是乌江上游支流，全长１７６公里，流域面积３８００平方公里，州内河长８８公里，流域面积１５７９平方公里，州内支流２５条，较大的有官地坝河、  四合头河、观音桥河、受坝河、小沙溪等。

    野三河是清江中游北岸支流，全长５９.８公里，流域面积１１５７平方公里，支流９条，较大的有石门河、桥河、中柱河等。

    沿渡河又名神农溪，是三峡北岸支流，全长６０.６公里，流域面积１０４７平方公里，支流２６条，州内河长４３.１公里，流域面积８３７.６平方公里，州内支流２０条，较大的有三道河、平阳河、罗溪河等。

    截至２００８年底，全州已建成水库共２４１座，总库容１４.２６２６亿立方米。其中大（２）型水库２座：咸丰县朝阳寺水库，库容１.２０５亿立方米，承雨面积２４５２平方公里；宣恩县洞坪水库，库容３.４３亿立方米，承雨面积１４２０.５平方公里。中型水库１７座（总库容８.０４０９亿立方米）：恩施市车坝河、大龙潭水库，库容分别为０.５９２４、０.５２亿立方米；利川市福宝山、长顺水库，库容分别为０.１０４８、０.６８３３亿立方米；建始县四十二坝、小溪口水库，库容分别为０１１４、０６６４亿立方米；宣恩县狮子关、龙洞水库，库容分别为０.９７３５、０.６８１２亿立方米；咸丰县田寨河、小河水库，库容分别为０.１６５９、０.７５６２亿立方米；来凤县新峡、塘口、纳吉滩水库，库容分别为０.５３７５、０.３９６、０.３８０１亿立方米；鹤峰县芭蕉河一级、芭蕉河二级、燕子桥、蛤蟆颈水库，库容分别为０.９６、０.２４８、０.１２３６、０.１４０４亿立方米。小（１）型水库７３ 座，总库容１.２６３亿立方米。小（２）型水库１４９座，总库容０.３２３７亿立方米。水库工程在本州是水利工程的骨干工程，具有防洪、灌溉、发电、供水、航运等多种功能。