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恩施州温暖湿润的大气候及变化多样的小气候广泛适宜于“温水性”鱼类和“亚冷水性”鱼类繁衍生息。全州鱼类资源共有９目２０科约１４７种（包括亚种）。以清江水系鱼类为例，表现为既有东部江湖平原常见的鱼类，也有西部青藏高原的裂腹鱼类和条鳅属鱼类；既有现今主要分布于珠江水系、云南境内各水系及长江上游的鲃亚科、鳗鮡类和平鳍鳅科鱼类，同时还可发现北方的岁属鱼类。许多定居我州清江上、中游的种类在清江下游或长江中游干流未见有发现的报道，为本地特有的地方品种。清江水系共有７０个种（包括亚种），分别隶属于４个目，１１个科，５２个属。其中鲤科的种数最多，计４３种，占总数的６１.４％（其中鲃亚科１４种，占鲤科的３２.６％）；鳅科８种，占总数的１１.４％；平鳍鳅科和鮠科５种，占７.１％；鮡科４种，占５.７％；平鳍鳅科、鮨科、虾鯱科各２种，分别占２.９％；鲶科、央科、合鳃科、塘鳢科各１种，分别占１.４％。
除鱼类资源外，我州其他水生动植物资源也十分丰富。主要水生经济动物有虾、蟹、蚌、龟、鳖、棘蛙、水獭、水禽等。主要水生经济植物有藕、荸荠、茭白、莼菜等。其中具有开发价值，富有地方特色的品种有莼菜、葛仙米、棘蛙、大鲵等。莼菜：又叫薄菜，马蹄草。原属睡莲科，后分立为莼菜科，为多年生浮叶植物，
原产我国东南部。１９８２年经中国科学院水生生物研究所有关专家鉴定，产于我州福宝山水库附近的莼菜为真正 。
莼菜。通过鉴定后，我州在福宝山水库等地进行了人工引种种植试验。试验结果表明：莼菜生长要求土壤肥沃，富含有机质，水质比较清新，适宜于砂页岩地区生长，并且人工种植容易，生长快、产量高，亩产可达１０００公斤以上，是一种很有开发利用价值的水产品。
葛仙米：亦称天仙米，天仙菜，地木耳，是一种经济淡水产蓝藻，属蓝藻门念珠藻科，学名为拟球念珠藻。其干物质总蛋白质高达５２—５６％，含人体必需氨基酸７种。据中国科学院水生生物研究所黎尚豪称，葛仙米在世界范围内，非州有７亩，且产量甚微，湖北襄樊仅有７分地，而我州鹤峰县产葛仙米的地方有上万亩。近年来葛仙米市场前景良好，产品价格达到了６００—１０００元／公斤，远销香港、日本，极具开发价值。
棘蛙：我州境内棘蛙有３种，棘胸蛙、棘腹蛙和双团棘胸蛙。它是一类大型的野生蛙类，体大肉多而细，味美如鸡肉，营养丰富。蛙肉中含有蛋白质、葡萄糖、氨基酸、铁、磷和维生素等多种营养成分，脂肪含量很低。其食用价值远远高于牛蛙，被国外美食家誉为“白蛙之王”，具有较高的开发价值。我州恩施、宣恩、咸丰等县市已开展棘蛙的人工驯养繁殖，驯养繁殖技术日益成熟，但养殖规模还较小。
大鲵：我州是湖北省乃至全国大鲵主产区之一，全州各主要河流均有分布，尤以宣恩县、咸丰县最多。近年来在宣恩县蚂蚁洞、白水河鸳鸯峡等地，每年均有批量鲵苗出现。我州对大鲵资源坚持保护与利用并重的原则，在保护野生大鲵资源的基础上，积极开展大鲵人工驯养繁殖。目前，已建成１个省级大鲵自然保护区（咸丰县忠建河大鲵自然保护区），正积极申报宣恩县白水河大鲵自然保护区。宣恩、咸丰、鹤峰、恩施等县市的大鲵人工养殖技术已基本成熟，宣恩县大鲵仿生态人工繁殖技术取得实质性突破，大鲵子二代产品发展良好。宣恩县还成立了大鲵驯养繁殖中心和恩施州首家大鲵保护协会，民间驯养繁殖大鲵初具规模，全县现有大鲵４万余尾。
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