企业进行创新券申领兑付流程如下：（1）注册。企业登录服务平台，按要求进行注册。（2）申领。企业注册成功后自主点击领取创新券。领取所在年度的创新券。（3）服务合作。企业在服务平台选择服务项目，通过线下联系服务机构购买服务。（4）兑付。服务完成后，企业在线提交兑付申请，上传服务合同、交易发票、服务结果等兑付申请材料。服务结果包括服务过程证明文件和取得实质性成果文件，并加盖企业和服务机构公章。所在年度的创新券只能用于当年付款的服务。（5）审核公示。各市、州、直管市、神农架林区科技主管部门对所辖企业兑付申请材料的真实性、完整性和规范性进行初审。省信息院对兑付申请材料中的用券企业和服务机构关联关系进行审查，并定期组织专家或专业机构对通过的兑付申请材料进行审核，审核通过并经省科技厅信用核查、党组会研究通过后，在服务平台上公示创新券兑付清单，公示期为5个工作日。（6）兑现。公示无异议，省科技厅与省财政厅协商，报省政府同意后拨付给企业。